会社にもよるのかもしれませんが、家賃補助と通勤定期券代というのは切り離されている会社が多いのではないかという気がします。つまり、家賃補助は月々いくらまで、通勤定期券代は余程遠くなければ必要な金額だけ出す、みたいな。
税務とかは詳しくないのでひょっとしたら税務上の取り扱いとかにも起因しているのかもしれませんが、これらは一体で考えるべきなんではないかと思います。
というのも、勤務地が都心の場合、会社から近くに住めば家賃は高く（通勤代は安く）、逆に遠くに住めば家賃は安く（通勤代は高く）、という傾向になるかと思います。もちろん家賃の変化幅と、通勤代の変化幅は違うでしょうが、少なくとも変化の方向はオフセットする方向でしょう。
ということであれば、やはり会社の近くに住んで、できるだけ通勤時間を短くするのがよいのではないかと思います。毎日確実に座って、読書でもしながら通勤できるのであればともかく、そうでなければ、やはり通勤の時間というのはどうしても、非生産的な時間になってしまうかと思います（つまり、もったいない）。
浮いた時間を会社のために仕事関係で使うもよし、家族との時間として使うもよし、趣味の時間として使うもよし、ですが、通勤時間は短いに越したことはないと思います。
通勤代とパッケージとは書かれていませんが、そういうコンセプトで家賃補助を設定している会社があるようです（以下の記事）。ほんと、そうだよなぁ、と個人的には思います。
会社の近くに住むほど“おトク”――一石二鳥の戦略とは
ビジネスパーソンであれば“通勤地獄”は避けたいものだが、そうはいっても都心に住めば住居費がかかる。「会社の近くに住めたら」……そんな夢をかなえてくれる会社がある。
サラリーマンなら誰でも避けたい“通勤地獄”。しかし、そうはいっても、都心に住めば住居費がかかる……。そろばんを弾けば、苦痛を我慢するのが現実だ。「会社の近くに住めたら」なんて夢……と、あきらめるのは早いかも。そんな夢をかなえてくれる会社が大阪市にある。インターネットを使ったマーケティングを手がけるコンビーズが導入している「ご近所さんトクトク制度」。自宅が会社に近いほど住宅手当が厚いという、なんともありがたい制度なのだ。
「通勤時間が片道1時間とすると、月20日出勤すれば40時間にもなる。これだけの時間を無駄にするよりは、その時間を有効に使ったほうがはるかにまし」と、平井武社長は制度のねらいを話す。平成19（2007）年12月に導入した。
さて、いったいどんな制度なのだろう。
同社の本社は大阪市北区堂島浜。まさに都心のまっただ中。本社と自宅の直線距離が2キロ以内なら3万円、2キロを超えて3キロ以内なら2万円、3キロを超えて4キロ以内なら1万円の住宅手当が毎月支給される。
ちなみに本社から2キロ以内だと北浜や中津、福島など、4キロ以内では心斎橋や京橋あたりまで含まれ、意外と広範囲にわたる。
通勤時間の短縮で、退社後に余裕の本選び
15人の社員のうち、現在7人がこの制度を利用。入社4年目でウェブデザイン制作を担当する山川朝美さん（26）はその1人で、入社の際、人事担当者から制度の説明を受け、会社から徒歩30分、福島区内のマンションを探した。
山川さんは「3万円コース」。「歩く時間は長いのですが、途中からずっと地下道で来られるので、雨の日でも通勤は楽ですね」と話す。都心部ならではの通勤事情だ。
山川さんの勤務時間は、通常午前10時から午後7時まで。仕事後の楽しみは近くの書店での本選びだ。仕事柄、コンピューターやデザインに関する本を探すことが多いが、自宅が近いので十分に時間をかけられるという。
「自宅に戻ったら掃除、洗濯、炊事…。日常のこともきちんとしたいし、仕事と両立させたい。それには少しでも時間がほしい。会社から近くに住めることはありがたい」と話す。
インターネット関連企業は長時間の残業が当たり前というイメージがある。この制度の導入も、そうした事情からなのかと思ったら、理由は別のところにあった。
同社では午後10時以降も残業する人はほとんどいない。社員1人あたりの月平均残業時間は多いときでも30時間程度という。業界内でも少ない方だ。
「仕事も自分の時間も大切に」と平井社長
社員は全部で15人の小所帯。平井社長も社員と同じ部屋で一緒に仕事をするため、普段からお互いにどんな仕事をしているのかがわかる。仕事が多いときは、自然とお互いに手伝う習慣になっている。
デザイン制作などは創造性が求められるだけに、時間をかけたからといって、必ずしもいいものができるわけではない。「ご近所さんトクトク制度は、仕事と自分の時間とのバランスを考えた上でのこと」（平井社長）と話す。
これが制度導入のねらいだった。短縮した通勤時間を、すべて仕事につぎこんでもらおうというわけではないのだ。
同社には月に1回、無作為で選ばれた4人が一緒に昼食をとる「ランチDEデート」という試みもある。社内のコミュニケーションの活性化がねらいで、仕事のことに限らず、プライベートなことも含め、気兼ねせずに話せる雰囲気づくりに一役買っている。
この試みも含め、「あくまで社員1人1人の個性を最大限に生かし、思う存分仕事をしてもらうためのもの。ワークライフバランスのために、少しでもよい職場環境作りに取り組んでいきたい。それが私の仕事です」と平井社長は話す。（松村信仁）
